Alkmaar telde in de middeleeuwen zes kloosters. Eerst kwamen er in navolging van de ‘moderne devotie’ te Windesheim bij Deventer begijnhoven voor vrouwen, zoals Het Oude Hof van 1394. Daarna komen de bedelmonniken van Franciscus (1448) en Clara (1505), de zogenaamde Franciscanen en de Clarissen. Die waren niet populair in de stad.  Ze deden weinig anders dan prediken en bedelen. Wie minder streng dan een monnik of non wilde leven werd begijn. Dat wilden velen in de stad, want er ontstonden vier begijnenkloosters. Op een oude kaart van Jacob van Deventer uit 1562  is te zien waar de kloosters lagen:  dicht bij de Grote kerk en langs de Nieuwe Sloot.  Het Middelhof of Sint-Salvator-begijnenklooster  bijvoorbeeld lag op de plek van het Canadaplein nu. Het huisvestte tevens het stadsziekenhuis:  Sint Elisabethgasthuis of Vrouwengasthuis. Het bekendste ziekenhuis in het middeleeuwse Alkmaar was het Heilige Geestgasthuis. Sinds 1573 kennen we het als De Waag.
Het vrome Alkmaarse leven kreeg in de middeleeuwen nog een heus wonder aangereikt, het Heilig Bloedwonder. Op de muurschilderingen in de St. Laurentiuskerk aan het Verdronkenoord is het nog te zien. Een jonge priester verzweeg bij zijn priesterwijding in 1429 dat hij eerst soldaat was. Daar kreeg hij spijt van, toen hij merkte, dat enkele druppels gemorste miswijn niet uit zijn priestermantel gingen. Zelfs het uitgeknipte stukje stof, met de ‘bloeddruppels van Christus’,  liet zich niet verbranden. Het stukje stof raakte weg.  Jaren later werd het terug gevonden door toedoen van een Zeeuwse schipper, die in nood verkerend Maria om hulp vroeg. Hij kreeg de opdracht, in ruil voor zijn redding, om in Alkmaar de bloeddruppels terug te vinden, wat hem lukte. En Alkmaar op gezag van de bisschop van Utrecht  een ‘eigen’ wonder opleverde.   Het teruggevonden stukje stof was voortaan een heilig relikwie.
Met de geestelijken in de stad liep het niet goed af. Op 24 juni 1572 namen de geuzen het stadsbestuur over.  Vijf katholieke geestelijken werden gevangen genomen en naar Enkhuizen gebracht, waar de geuzenleider Diederick van Sonoy burgemeester was. Ze kregen hun vrijheid terug als ze protestants wilden worden. Dat weigerden ze. Op  25 juni 1572 werden ze opgehangen.