Hoewel het Laatste Oordeel van Jacob van Oostzanen (1475-1533) in de afgelopen jaren knap is gerestaureerd moet het er kort na het ontstaan veel kleuriger en dus heftiger uit hebben gezien. Voor de 16e eeuwse Alkmaarders was er een bedrukkende waarschuwing te zien. Aan het eind van je leven zal je verantwoording afleggen. Dat beslist je lot: hemel of hel. En wie had als een heilige geleefd? Met het verlies van het hemel- en helgeloof leek Jacobs grootse kunstwerk aan waarde in te boeten. De schilderingen werden verwaarloosd. Ze kwamen in de 19e eeuw voor een groot deel in de depots van het Rijksmuseum terecht. Andere delen werden als brandhout op de markt verkocht. Losgekomen van angsten en vooroordelen zag men de kunstwaarde weer van het Alkmaarse Laatste Oordeel. Wat er nog bewaard was keerde terug naar de Grote Kerk en werd in het afgelopen decennium gerestaureerd. Van ongeveer dezelfde ouderdom is het werk van de Meester van Alkmaar (1490-1540): de Zeven Werken van Barmhartigheid. De kerk moet het doen met een kopie. Het origineel hangt in de middeleeuwse zaal van het Rijksmuseum. Het toont het laat-middeleeuwse leven in Alkmaar. Misschien fungeerde het schilderij als startpunt voor een bedevaart. De St. Jacobsschelp is immers op één van de panelen te zien. Deze kunstwerken en de koorbanken, het koorhek, de preekstoel en de dooptuin, de naamborden, het maquetteschilderij, het scheepsmodel en de orgels vormen samen een kostbare verzameling laatmiddeleeuwse en 17e eeuwse kunst.  Als je het ziet, kijk je je ogen uit!
Ook het drieluik (2004) van Pauline Bakker is er te zien, gemaakt voor het 750-jarig bestaan van de stad met taferelen uit de Alkmaarse geschiedenis. Vorm en maat  zijn ontleend aan het beroemde drieluik (1542) van Maerten van Heemskerk, dat in 1581 werd verkocht aan Zweden.  Het hangt er tot op de huidige dag in de Lutherse Dom van Linköping. In 1996, bij de heropening van de gerestaureerde Grote Kerk, werd het schilderij van Maerten digitaal via het internet naar Alkmaar gestuurd en uitgeprint op ware grootte. Acht jaar later verving Pauline de geprinte christelijke voorstellingen van Christus en St. Laurentius door seculiere stadsafbeeldingen.