Alkmaar zählte im Mittelalter nicht weniger als sechs Klöster. In den ersten Jahrhunderten seines Bestehens hatte das Benediktiner Kloster von Egmond großen Einfluss auf das geistige Leben in der Siedlung Alkmaar. Die Alkmarer Bauern bewirtschafteten die Äcker des Klosters. Aber als Alkmaar 1254 Stadtrechte bekam, bekamen es die Einwohner auch mit anderen Mönchen und Nonnen zu tun. Zuerst entstanden in Nachahmung der ´devotio moderna´ in Windesheim bei Deventer sogenannte Beginenhöfe. Het Oude Hof datiert aus 1394. Später kommen die Bettelmönche von Franziskus (1448) und Clara (1505), die sogenannten Franziskaner und Clarissen. Die Bettelmönche waren in der Stadt nicht sehr beliebt; sie predigten und bettelten nur. Wer weniger streng als die Nonnen leben möchte, wurde eine Begine.  Das wollten viele Frauen in der Stadt, denn es entstanden vier Beginenklöster. Auf einer alten Karte von Jacob van Deventer aus 1562 kann man sehen, wo die Klöster waren: nahe der „Grote Kerk“ und entlang dem „Nieuwe Sloot“. Der „Middelhof“ oder das St. Salvator-Beginenkloster z.B. lag etwa an der Stelle, wo jetzt der Canadaplein ist. Es diente gleichzeitig auch als Stadtkrankenhaus: Sint Elisabethgasthuis oder Vrouwengasthuis.  Das bekannteste Krankenhaus im mittelalterlichen Alkmaar war das Heilige Geestgasthuis. Seit 1573 kennen wir dieses Gebäude als De Waag.

Das fromme Leben in Alkmaar wurde im Mittelalter noch mit einem wahrhaftigen Wunder beschert, dem Heiligblutwunder, das viele Pilger in die Stadt zog. Das war den Alkmarern gerade recht. Das Blutwunder wird auch heute noch auf Wandmalereien in der St.Laurentiuskerk am Verdronkenoord dargestellt. Es erzählt die Geschichte von einem jungen Priester im Jahre 1429, der zuerst Soldat war, aber dies bei seiner Priesterweihe lieber nicht bekanntgab. Das bedauerte er, als er später bemerkte, dass einige verschüttete Weintropfen nicht aus seinem Priestermantel verschwinden wollten. Sogar der herausgeschnittene Stoffteil ließ sich nicht verbrennen: die Weintropfen, Blutstropfen Christi wie man glaubte, blieben sichtbar. Der Stoffteil ging verloren, aber einige Jahre später wurde er durch Zutun eines Schiffers aus Seeland zurückgefunden, der in der Not zu Maria betete. Er bekam den Auftrag, als Gegenleistung für seine Rettung, in Alkmaar die Blutstropfen zurückzufinden, was ihm dann auch gelang. Dadurch bekam Alkmaar auf Fürsprache des Bischofs von Utrecht ein ´eigenes´ Wunder.  Der zurückgefundene Stoffteil war von da an eine heilige Reliquie. Für die Geistlichen in der Stadt ging es schließlich nicht gut aus. Am 24. Juni 1572 übernahmen die Geusen die Regierung der Stadt. Fünf katholische Geistliche wurden gefangen genommen und nach Enkhuizen gebracht, wo der Geusenführer Diederick van Sonoy Bürgermeister war. Sie bekämen ihre Freiheit zurück, wenn sie zum Protestantismus übergehen würden. Sie weigerten sich. Am 25. Juni 1572 wurden sie gehängt.