Der Einzug der deutschen Truppen in Alkmaar verlief ohne Zwischenfälle. Die Niederlande hatten kapituliert, weiteres Blutvergießen wurde verhindert. Der Kontrast war für die zusehenden Bürger schon groß: die mobilisierten, schlecht ausgerüsteten niederländischen Soldaten wurden im Straßenbild durch schwerbewaffnete Deutsche ersetzt. Die Jugend staunte, während die älteren Einwohner noch nicht wussten, was sie erwartete. In den ersten Kriegstagen hatte Alkmaar Hals über Kopf noch einen großen Teil der Amersfoorter Bevölkerung auffangen müssen, die mit ihrer Stadt in die Schusslinie zu geraten drohten. Dass es mit den Mitteln dieser Tage gelang, vollkommen unerwartet 20000 Menschen zu ernähren und unterzubringen, da kann man sich nur wundern. Denn, wie groß war Alkmaar selbst in diesen Tagen. Die dankbaren Amersfoorter schenkten der Stadt 1941 ein Fenster mit Bleiverglasung, das im Rathaus seinen Platz fand. Die Judenverfolgung hatte zur Folge, dass alle jüdischen Mitbürger der Stadt am 5. März 1942 über Amsterdam und Westerbork in die Konzentrationslager geschickt wurden. Die Familie Drukker zum Beispiel: über Westerbork und Theresienstadt kamen sie in Auschwitz, von wo sie nicht zurückkehrten. Das große Puppenhaus von Marjan Drukker war 2013 kurze Zeit im Stedelijk Museum zu sehen. Jetzt befindet es sich wieder im Puppenhausmuseum in Breda. Einige wenige Juden kehrten nach dem Krieg zurück. In der Stadt liegen sogenannte „Stolpersteine“, die zeigen, wo die deportierten Juden gewohnt haben. Im Jahre 2009 konnte man nach sorgfältiger Restaurierung die ehemalige Synagoge in der Hofstraat wieder der jüdischen Gemeinschaft übergeben. Seitdem erfüllt die Synagoge eine kulturelle Funktion in unserer Stadt. Außer jüdischen Kriegsopfern gab es auch welche, die durch Teilnahme am Widerstand fielen. Alkmaar hatte ab 1943 einen tapferen Schlägertrupp, der in der ganzen Provinz aktiv war. Durch Verrat und Fallstricke verloren junge Männer ihr Leben. Der bekannteste unter ihnen ist Frits Conijn. An der Harddraverslaan befindet sich Alkmaars Kriegsmonument, zum Gedenken an fünf Widerstandskämpfer, Opfer einer Fusillade am 17. November 1944. Kurz vor der Befreiung gab es in den Wiesen um Alkmaar Lebensmittelabwürfe, auf die die Bevölkerung von Alkmaar sehnlichst wartete. Schon bald danach, am 5. Mai 1945, gab es ein großes Fest in der Langestraat und auf den Plätzen der Stadt. Jedoch nicht am Westerweg und am Schaepmanplein, wo Internierungslager für verhaftete  Mitbürger, die auf der falschen Seite gekämpft hatten, eingerichtet wurden.